在攻打花剌子模之时，术赤和察合台两人仍是不和，两军不能协调，征战不利。成吉思汗派窝阔台做总司令，统率两军，这才节节胜利。
术赤、察合台、窝阔台攻花剌子模的首都玉龙杰赤大城。三兄弟分取了城中的百姓工匠，没有留给父王。三兄弟回来时，成吉思汗恼怒得很，三天没有传见。博尔术、木华黎等大将劝他说：“为了教训花剌子模的苏丹，我们已把他打得落花流水。玉龙杰赤的百姓虽然被大汗的三个儿子分了，也和大汗自己所有一样。我军大胜，大家都很欢喜，大汗何必发怒？儿子们做错了事，心里很害怕，以后一定会小心谨慎，请准许他们谒见罢。”
成吉思汗接受劝告，命三个儿子进见，引述祖言古语，重重责骂。术赤、察合台、窝阔台三人站着，汗流满面，又是惭愧，又是害怕。三名亲卫箭筒士劝大汗道：“儿子们打了胜仗，大汗这样重责，令他们灰心。儿子们已经知错了。从日出的地方到日落的地方，敌人还很多，让我们去攻打他们，去攻打巴格达的苏丹，去抢夺他们的金银、绸缎。大汗请息怒罢。”成吉思汗怒气平息，重赏劝他的大将和三名亲卫箭筒士，与三个儿子和好。
成吉思汗的皇后妃子很多，他让她们分住在五个地方，蒙古人在帐幕里居住，所以称为五个斡儿朵，斡儿朵是“宫帐”的意思。第一斡儿朵的正后是元配蒲儿帖皇后，其次有五个皇后，再下面有许多妃子。各斡儿朵的情形都相同，不过后妃的数目有多有少。蒲儿帖皇后生了术赤、察合台、窝阔台、拖雷四个儿子，五个女儿。第二斡儿朵的正后是忽兰皇后。她父亲是篾儿乞惕部的一个酋长，本来跟随乃蛮部的塔阳汗对成吉思汗作战。塔阳汗败死后，那个酋长带了女儿去向成吉思汗投降，要把美丽的女儿献给他。走在路上，遇到成吉思汗部下的一名将领纳牙阿。纳牙阿说：“现今战事激烈，你们父女俩如在路上遇到军队，恐怕会遭难，你女儿会受到污辱。你们留在我这里，等战事结束，我护送你们去见大汗。”于是父女俩在纳牙阿的帐幕里住了三天，再去见成吉思汗。
成吉思汗大怒，要杀纳牙阿，说他不该将这样美丽的姑娘在帐幕里留了三天。忽兰和纳牙阿忙说明经过。成吉思汗发觉忽兰果然仍是处女，对她很是宠爱，对忠诚的纳牙阿也大加重用，觉得这样美丽的姑娘在他帐幕里住了三天，居然仍是处女，这人可以付托大事。
成吉思汗很喜欢忽兰，称她为“我那娇小的美人儿”。忽兰皇后生了一个儿子，叫做阔列坚。成吉思汗待他如同四个嫡子一样。后来阔列坚随拔都西征，在俄罗斯中箭而死。
第二斡儿朵的次后叫做古儿八速，是塔阳汗的后母。当塔阳汗和成吉思汗打仗的时候，古儿八速曾说蒙古人身上很臭。这句话给成吉思汗听到了，后来将她俘虏了来，就问她：“你说我们蒙古人身上很臭吗？”当晚就娶了她，大概要她闻闻自己身上臭不臭。第三斡儿朵的正后是也遂皇后。在诸后之中，她和忽兰皇后两人最为得宠。成吉思汗出征，有时带忽兰同行，有时带也遂同行。第四斡儿朵的正后是依速甘皇后。她是也遂皇后的妹妹。由于她举荐姊姊，成吉思汗才得到也遂皇后。她嫁给成吉思汗较早，但甘心位居姊姊之下。
第四斡儿朵的三后名叫合答安皇后，是四大功臣之一赤老温的妹妹。成吉思汗少年时被泰亦赤兀惕人俘虏，脱逃后躲在赤老温家里的羊毛车中，才得免难。后来成吉思汗灭了泰亦赤兀惕部，合答安的丈夫被乱兵杀死，她给蒙古兵俘虏了。她远远望见成吉思汗，大叫：“铁木真救我。”成吉思汗就收她为妻。四大斡儿朵之外，又另有一个“公主斡儿朵”，正后是金国的公主。成吉思汗率兵围困燕京，金国皇帝送女儿歧国公主求和。当时金国皇宫中未嫁的公主共有七人，歧国公主最美丽聪明，宫中称她为“小姐姐”。这位“小姐姐”嫁了成吉思汗后，很受到敬重，蒙古人称她为“公主皇后”。成吉思汗为她特别成立一个“公主斡儿朵”。
五个斡儿朵分设在不同地方，相隔很远。
成吉思汗征服西夏，把西夏百姓杀了一大批，于猪儿年（丁亥，一二二七年）七月十二日在西夏去世，年七十三岁。去世的地方在今甘肃东部清水县。也遂皇后一直陪伴着他。车子载着大汗的金棺东归，走到一个地方，车轮陷入了地里不动，许多骏马也拖拉不动。一个善歌的歌手唱道：“大汗啊，你弃掉天下而去了，你的皇后、皇子、亲族、故土都在等你回去。你所出生的故乡，还在遥远的地方。你的蒲儿帖皇后、忽兰皇后，你的伙伴博尔术、木华黎他们，都在等你回去。由于西夏的姑娘们美丽，你忘了蒙古的亲人么？”
这样唱了之后，车子动了，把成吉思汗的遗体送回蒙古。诸将严守秘密，路上遇到行人，一概杀却，免得消息泄漏。大汗的灵柩在各个皇后的斡儿朵中逐一陈列发丧，最后葬在不儿罕山中。成吉思汗年轻的时候被篾儿乞惕人追逐，避入不儿罕山，躲过了大难。不儿罕山是斡难河和怯绿连河的发源地。成吉思汗曾在山谷中一株大树下默思多时，说过要葬在这棵大树的下面。儿子们遵从他的遗命。葬后不起坟墓，蒙古兵将骑了大群马匹践平土地，后来四周长起密林。至今还没有发现真正的所在地。
成吉思汗所征服的大帝国，从中心骑马向四方奔跑，据说东南西北都要奔驰一年才到边界。他把这个大帝国分给四个儿子。长子术赤的封地，在今日苏联的碱海、顿河、伏尔加河一带，称为“钦察汗国”。因为那时候这些地方叫做钦察。术赤是长子，但不得继承大位，封地又远，所以怏怏不乐，后来就生病了。成吉思汗派他去征讨里海、黑海北方诸地，术赤没有很快的出动，成吉思汗很不高兴。后来成吉思汗征伐了西域回蒙古，沿途几次叫术赤来相会。术赤生了病，不能来见。那时有个蒙古人从术赤的领地到来，成吉思汗问起术赤的病况。那人说大王子身体很好，行前还见到他带了大队人马在打猎。成吉思汗大怒，便率兵去征讨问罪，派窝阔台与察合台作先锋。大军刚要出发，术赤的死讯由快马传到。成吉思汗十分悲痛，问起死因，才知他生病已久，那次行猎的其实是术赤的部将。
大汗要将传假讯的人捉来治罪，那人却已逃走了。术赤死时四十九岁，有十四个儿子。长子鄂尔达，次子拔都。鄂尔达自知才能不及弟弟，兄弟俩又友爱，所以将继承父位的权利让给了拔都。
察合台的长子叫做莫图根。成吉思汗在他的众多孙子之中，最钟爱莫图根。在攻打花剌子模时，有一次围城，莫图根被敌人射死。成吉思汗很是悲痛，城破之后，把全城的百姓都杀光了，为孙儿报仇。
那时察合台还不知儿子已死，旁人都不敢告诉他。有一天，成吉思汗和几个儿子一同吃饭，假装大发脾气，说儿子们都不听话，对察合台尤其恼怒。察合台很是惶恐，说道：“我如不听父王的吩咐，甘愿被父王处死。”成吉思汗道：“我不论甚么吩咐你都听，是吗？”察合台道：“是。儿子决计不敢违命。”成吉思汗道：“那么你听我吩咐。你的儿子莫图根已经死了。我叫你不可悲伤。”察合台大惊，拚命的忍住眼泪，装作并不悲伤，安安静静的吃完了饭，才独自到野外去放声大哭。察合台脾气暴躁，但很会辨别是非，军中如果有甚么争执，疑难不决，由他来判断，总是十分公平。窝阔台能够继承大位，察合台拥立的功勋最大。窝阔台继位后，遇到甚么大事，总是派人去征求二哥的意见，对他十分尊敬。察合台的封地在新疆、阿富汗、苏联乌孜别克共和国一带，称为“察合台汗国”，地域也十分广大。